Vị thế của Cranmer trên chính trường bị suy yếu dần kể từ ngày 16 tháng 10 năm 1551 khi Seymour bị cầm tù với cáo buộc phản quốc. Đến tháng 12 Seymour bị đưa ra xét xử, được trắng án phản quốc nhưng bị kết trọng tội và bị xử tử ngày 22 tháng 1 năm 1552.[71] Mối quan hệ giữa Cranmer với Dudley rạn nứt từ đây, rồi đổ vỡ hơn nữa khi quan nhiếp chính tìm cách thâu tóm tài sản của giáo hội làm của riêng.[72] Dù trong giai đoạn nhiễu nhương như thế, Cranmer vẫn triển khai cùng lúc ba đề án chính cho công cuộc cải cách: hiệu đính luật giáo hội, hiệu đính Sách Cầu nguyện chung, và xác lập một bản tuyên tín.[73]

Luật giáo hội theo truyền thống Rô-ma – cấu trúc của giáo hội được hình thành theo luật này – rất cần được chỉnh sửa sau khi Henry tách khỏi Rô-ma. Đã có vài lần hiệu đính dưới triều Henry, nhưng tốc độ cải cách đi nhanh hơn những điều chỉnh pháp lý. Khi cuộc cải cách được xác lập, Cranmer thành lập một ủy ban trong tháng 12 năm 1551, rồi mời Peter Martyr, Laski, và Hooper tham dự. Động thái này chứng tỏ Cranmer không hề nhớ đến ân oán cũ. Cranmer cùng Martyr nhận ra rằng một bộ luật tôn giáo theo khuynh hướng cải cách nếu được thông qua tại Anh sẽ có ảnh hưởng quốc tế. Cranmer lập kế hoạch tập hợp tất cả các giáo hội cải cách tại châu Âu dưới sự lãnh đạo của nước Anh nhằm chống lại Công đồng Trent của Giáo hội Công giáo được triệu tập để đáp trả cuộc Cải cách Kháng Cách. Tháng 3 năm 1552, Cranmer mời những nhà cải cách hàng đầu của lục địa như Bullinger, John Calvin, và Melanchthon đến Anh để dự một hội nghị liên hệ phái,[74] nhưng gặp phải những hồi đáp đáng thất vọng: Bullinger cho biết ông và Melanchthon không thể rời nước Đức trong thời điểm này khi chiến tranh đang diễn ra giữa Hoàng đế và các vương hầu Lutheran, trong khi Calvin tỏ ra ủng hộ nhưng nói rằng ông không thể đến dự. Cranmer nhìn nhận thiện chí của Calvin và phúc đáp, "Chúng tôi sẽ tận lực cải tổ Giáo hội Anh để cả hai lĩnh vực thần học và luật pháp đều được điều chỉnh cho phù hợp với Kinh Thánh."[72] Một phần bản thảo của đề án còn lưu trữ cho thấy những chỉnh sửa và nhận xét của Cranmer và Martyr. Phiên bản cuối cùng được trình trước Quốc hội trong khi sự bất đồng giữa Cranmer và Dudley lên đến đỉnh điểm, quan nhiếp chính đã thành công khi tìm cách giết chết dự luật giáo hội tại Viện Quý tộc.[75]

Cranmer đã hướng dẫn và thúc đẩy công cuộc hiệu đính Sách Cầu nguyện chung, bắt đầu từ cuối năm 1549 khi Hội nghị Canterbury nhóm họp để thảo luận về vấn đề này. Cuối năm 1550, Martyr và Bucer được mời góp ý, quan điểm của hai người đã có ảnh hưởng đáng kể trên bản hiệu đính.[76] Quan điểm cho rằng Chúa chỉ hiện diện trong thánh lễ Tiệc Thánh về mặt tâm linh được làm sáng tỏ bởi ngôn từ mới và được thể hiện trong thực tế bằng cách cho phép tín hữu được dự phần cả trong bánh và rượu. Sách Cầu nguyện chung được hiệu đính loại bỏ việc cầu nguyện cho người chết cùng những bài cầu nguyện có ngụ ý đến giáo thuyết ngục luyện tội.[77] Đạo luật Uniformity 1552 công nhận Sách Cầu nguyện chung, rồi kể từ ngày 1 tháng 11 chỉ có Sách Cầu nguyện chung được phép sử dụng trong Giáo hội Anh.

Từ tháng 9 năm 1552, Cranmer biên soạn những phiên bản như là những dự thảo cho bản tuyên tín, John Cheke dịch ra tiếng Latin. Sau khi được hội đồng giáo hội chuẩn thuận và nhà vua cho phép, bản Bốn mươi Tín điều được xuất bản vào tháng 5 năm 1553.